专著
1、《清代漕粮海运与社会变迁》，上海书店出版社，2005年4月。
2、《博弈与均衡：清代两淮盐政改革》，福建人民出版社，2006年10月。
3、《道光王朝》，中国青年出版社，2008年5月。
4、《清朝嘉道关税研究》，北京师范大学出版社，2010年4月。
5、《清朝嘉道财政与社会》，商务印书馆，2013年5月。
合著
1、《明清时期的全国漕运中枢淮安》（倪玉平、荀德麟著），中国书籍出版社，2008年8月。
合译
1、《十六世纪明代中国之财政与税收》，黄仁宇著，阿风、许文继、倪玉平、徐卫东译，联经出版事业公司，2001年1月；生活·读书·新知三联书店，2001年6月第1版，2007年2月第2版。
论文
1、《近年来清代政治史研究述评》，《中国史研究动态》1998年第7期；
2、《漕粮海运与清代运输业的变迁》，《江苏社会科学》2002年第1期；
3、《试论道光初年漕粮海运》，《历史档案》2002年第1期；
4、《道光六年漕粮海运的几个问题》，《清史研究》2002年第3期；
5、《漕粮海运与清代社会变迁》，《求索》2002年第4期；
6、《试论清代的荒政》，《东方论坛》2002年第5期；
7、《清代水旱灾害原因初探》，《学海》2002年第5期；
8、《水旱灾害与清代政府行为》，《南京社会科学》2002年第6期；
9、《嘉道之际的漕弊问题》，《石家庄师专学报》2003年第4期；
10、《李星沅与“青浦教案”》，《史学月刊》2003年第5期；
11、《西方势力与晚清漕粮海运》，《中国经济史研究》2004年第4期；
12、《晚清漕粮海运史料考辨三则》，《江苏社会科学》2004年第6期；
13、《政府、商人与民众——试论陶澍淮北票盐改革》，《盐业史研究》2005年第1期；
14、《清代漕粮海运与经济区域的变迁》，《石家庄学院学报》2005年第4期；
15、《招商局与晚清漕粮海运关系考》，（香港）《新亚论丛》2005年6月；
16、《明清晋商人才管理解析》，《中国人才前沿（no.1）》，社会科学文献出版社，2005年11月；
17、《齐彦槐与道光初年海运》，《清史论丛》2006年1月；
18、《中国古代状元的成就》，《中国人才发展报告(no.3)》，社会科学文献出版社，2006年5月；
19、《“激励的悖论”——试论清代的盐业缉私》，《盐业史研究》2006年第4期；
20、《清朝两淮盐政改革》，《清史论丛》2006年12月；
21、《马新贻与“东南三大政”》，《回族研究》2007年第1期；
22、《李鸿章与晚清漕粮海运》，《安徽史学》2007年第1期；
23、《试论清朝的常平仓》，《中国古代自然灾害研究》，社会科学文献出版社，2007年8月；
24、《试论同治朝江浙“减漕”运动》，《石家庄学院学报》，2007年第4期；
25、《试论晚清漕运官制变革》，《晚清国家与社会》，社会科学文献出版社，2007年8月；
26、《浅论淮安与漕运的关系》，《“运河之都”研讨会论文集》，中国书籍出版社，2007年9月；
27、《陶澍与清代“东南三大政”》，《江苏社会科学》2008年第1期；
28、《试论陆建瀛淮南票盐改革》，《石家庄学院学报》2008年第2期；
29、《试论清代的漕粮海运文化》，《故宫博物院院刊》2008年第2期；
30、《招商局与清代漕粮海运关系新说》，《学术月刊》2008年第5期；
31、《义和团运动与晚清漕粮运输》，《江苏社会科学》2008年第5期；
32、《王庆云〈石渠余纪〉所载道光关税辨析》，《近代史研究》2008年第5期；
33、《〈汇核嘉庆十七年各直省钱粮出入清单〉所载关税额辨析》，《历史研究》2008年第5期；
34、《近20年“两半”问题研究述评》，《学术研究》2008年第10期；
35、《李鸿章与晚清两淮盐政改革》，《安徽史学》2009年第1期；
36、《清代咸丰初年江浙漕粮海运中的省际矛盾》，《学术月刊》2009年第1期；
37、《危机中的调适:嘉道时期的关税改革》，《江苏社会科学》2009年第3期；
38、《鸦片战争与道光朝关税征收》，《清华大学学报》（哲学社会科学版）2009年第3期；
39、《台湾重大灾害真相探寻》（赫治清、倪玉平），《中国报道》2009年第9期；
40、《权宜的妥协：“川盐济楚”研究》，《盐业史研究》2009年第3期；
41、《从帆船到铁路：漕运与中国交通工具近代化》，《石家庄学院学报》2010年第1期；
42、《“福星号海难”与中英交涉》，《江苏社会科学》2010年第2期；
43、《明清晋商人才战略解析》，《中国市场》2010年第20期；
44、《清朝嘉道时期的关税收入——以“道光萧条”为中心的考察》，《学术月刊》2010年第6期；
45、《变通于成法:陶澍与淮南盐政改革》（倪玉平、朱鸿纲），《盐业史研究》2010年第2期；
46、《明清徽商的经营艺术》，《中国市场》2010年第33期；
47、《近代工业布局的创新之作》，《中国经济史研究》2010年第3期；
48、《我们需要什么样的经济史?——评〈民生与家计：清初至民国时期江南居民的消费〉》，《近代史研究》2011年第1期；
49、《一部“融入世界”的著作——评李伯重〈中国的早期近代经济〉》，《中国经济史研究》2011年第1期；
50、《有量变而无质变：清朝道光时期的财政收支》，《学术月刊》2011年第5期；
51、《〈安吴四种〉的版本及其价值》（倪玉平、高晓燕），《石家庄学院学报》2011年第5期；
52、《GDP数值估计的三个原则》，《中国经济史研究》2011年第3期；
53、《曾国藩与两淮盐政改革》，《安徽史学》2012年第1期；
54、《清代冰雹灾害统计的初步分析》，《江苏社会科学》2012年第1期。
