曾获福建省社科成果奖三等奖（青年佳作奖）、农工民主党福建省委员会优秀调研论文三等奖（2次），先后出版专著1部、发表论文20余篇、史料整理160册，多次被人大复印资料《经济史》、《高等学校文科学术文摘》转载，多篇参政议政建议获国家和省级党政部门采纳，先后主持国家社科基金3项（一般、青年、专项子课题）、福建省社科基金2项（重点、青年）、用友基金会“商的长城”项目（重点）。

发表论文：

1、樊如森、伍伶飞：《1926-1948年上海银行的时空变迁及其动力机制》，《南通大学学报》2012年第1期

2、樊如森、伍伶飞：《近代环渤海市场结构的时空演进》，《历史地理》第28辑。

3、吴松弟、伍伶飞：《近代海关贸易数据摘编本存在的问题分析》，《中国社会经济史研究》2013年第4期。

4、伍伶飞、樊如森：《近代通商口岸与基督教的传播》，《历史地理》第33辑。

5、伍伶飞：《近代中国灯塔空间体系初探》，《海洋文明研究》2016年第1期。

6、夏士德著、伍伶飞译：《自流井的盐井》，《盐业史研究》2016年第1期。

7、夏士德著、伍伶飞译：《长江上游盐井河段歪头运盐船的历史与制造技艺》，《盐业史研究》2017年第3期。

8、伍伶飞：《船钞的收与支:近代关税史的一个侧面》，《中国经济史研究》2017年第6期。

9、伍伶飞：《近代东亚灯塔分级指标辨析》，《海洋史研究》2017年第11期。

10、伍伶飞：《近代长江中下游灯塔体系及其防护》，《云南大学学报》2017年第2期。

11、G.R.G.Worcester著、 伍伶飞译：《龚滩河运盐船的起源传说与形制特色》，《盐业史研究》2018年第2期。
12、伍伶飞：《朱正元与<御览图>:晚清地图史的视角》,《中国历史地理论丛》2018年第1期。
13、伍伶飞、吴松弟：《产业政策与航运格局:以近代日本灯塔事业为中心》,《复旦学报》(社科版)2019年第1期。

14、伍伶飞：《统计制度、抄录环境与核验技术:<1901—1920年中国基督教调查资料>数据分析和校勘》，《中国经济史研究》2020年第1期。

15、伍伶飞：《近代城市发展与银行区位决策——一项基于上海的研究》，《城市史研究》2019年第2期。

16、夏士德,伍伶飞：《长江上游运盐船中的打结技艺》，《国家航海》2020年第2期。

17、伍伶飞,黎佳韵：《厦门湾青屿灯塔考察报告》，《海洋史研究》2023年第2期。

18、伍伶飞：《明治维新后日本航运崛起中的灯塔因素》，《亚洲史研究》2023年第1期。

19、伍伶飞,李瑞丰：《“被封冻的税收”：民国时期东北黑龙江流域河捐制度的演变与困境（1912—1932）》，《中国经济史研究》，2023年第6期。

20、伍伶飞：《“科斯的灯塔”之外：中国海域的另一种收费型私有灯塔》，《中国经济史研究》2024年第2期。

21、伍伶飞,许心恬：《“近岸航线”:冬瓜屿灯塔的历史与区位价值考辨——以实地考察为研究视角》，《国家航海》2025年第2期。